GB版是第次在FC版的基础上加入了高达G和高达V的剧情，系统则是超级接近于SFC版第三次机器人大战

PS版是用机战F的引擎复刻FC版，并没有GB版G和V的机器东西，系统和素材基本沿用机战F

可以说这两作是版S版从FC版衍生出来，互无继承关系的什关两个平行的移植版

GB版和PS版都是对FC版第二次机战的重制。

FC的第次第二次机战是真正意义上引入完整剧情线的机战，从第二次机战到机战F完结篇，超级所有这几个机战的机器世界观都是一样的，剧情也是版S版连续的，所以第二次，什关第三次，第次EX，超级第四次（机战f）这几作又叫DC战争系列。机器后来的版S版机战这样出了一个作品以上的，剧情连续的什关，共用世界观的机战还有几个，比如z系列，阿尔法系列等等。

FC的第二次因为整个机战系列都还有一定的不成熟，所以剧情和整个游戏得完成度都不是特别理想，所以才有了后来的GB版和PS版。

GB版其实是利用了第四次机战的系统，又加入了v高达，g高达，把剧情重新串联以后出的。系统方面，第四次机战引入了机体改造和武器改造系统，所以GB版继承了这两个系统，FC版没有这个系统，只有一个宝物商店系统，在系统上几乎可以认为和后来的机战没什么关系。FC的第二次真正开创的被保留的是机师和精神，第一次机战里没有机师，而且也只有一台主角机可以用精神，精神还是随机的。但是FC第二次机战首次引入了机师，而且精神变成了每个人都能用，这个被后来的机战继承下来了。

不过第四次机战在地图上有隐藏道具，没有任何标识，需要你自己一格一格摸索或者使用特定精神发现，这个GB版没有继承。GB版机体改满以后可以获得特殊能力，但是没有强化零件。

从剧情上，GB版其实更有趣，因为加入了V和G两个作品，G高达在当时还是个挺火的动画，GB版直接引入了还是个在当时看挺夺眼球的事。

不过，G高达后来又加入了新机战和后来的机战F，新机战世界观独立，还好说，F系列和第二次是一个世界观，本来之前说GB版的剧情才是真正的剧情，FC版剧情是一个不全的黑历史，结果到F里G高达又加入了作品，而且情节和GB版冲突，最后搞的GB版的剧情成为了黑历史了。

但是这仍然无法掩盖GB版的精彩，老机战里值得一玩的机战肯定得有GB版的第二次机战一份。

而PS版的第二次是这样，当时winkysoft倾尽全力以第四次机战为底子，做出了机战F系列，这一作的系统完成度非常高，后来干脆w社就把第二次，第三次和EX都用机战F的系统重做了一遍，游戏系统全换成F的，但是剧情完全没改，算是更新了一遍。当年机战F的说明书最后还有这几作的广告。

整体上，画面最好的肯定是PS版的第二次，但PS版剧情和FC版几乎一样，GB版虽然画面不太行，还是黑白GB，但剧情其实分量挺足的。

区别大体是这些吧。